روز سه شنبه 13 صفر المظفر 1440 (مطابق با اول آبان 1397) اعضای محترم شورای عالی حوزه‌های علمیه با حضور در بیت مرجع عالیقدر حضرت آیة الله العظمی صافی گلپایگانی مدظله الوارف، با ایشان، دیدار کرده و از توصیه‌های معظّم له بهره‌مند شدند.
در ابتدای این دیدار، برخی از اعضای محترم شورا، به بیان گزارشی از فعالیت‌ها و برنامه‌ها پرداخته و رهنمودهای معظّم له را راهگشای این شورا دانستند.
معظّم له نیز با تقدیر و تشکّر و ابراز مسرّت از این دیدار، حوزه‌های علمیه را میراث حضرات ائمه علیهم‌السلام و علمای سلف دانسته و فرمودند: حوزه علمیه از ابتدا تا انتها، متعلّق به حضرت ولی عصر عجّل الله تعالی فرجه الشریف است و امانتی در دست ماست. باید در حفظ و نگاهداری از آن تلاش کنیم.
ایشان در ادامه، با اشاره به هویّت اصلی حوزه، بیان داشتند: حوزه مقاصد بزرگی دارد که باید این مقاصد حفظ شود. نباید اجازه دهیم به این هویّت و مقاصد، خدشه‌ای وارد شود. خیال نکنیم می‌توانیم هویّت جدیدی بیاوریم که جایگزین آن مقاصد شود. این حوزه میراث است و باید آن را حفظ نماییم.
آیت الله العظمی صافی گلپایگانی در بخش دیگری از بیانات خود، ضمن بیان توضیحاتی در اهمیت ابعاد مختلف حوزه ها، فرمودند: استقلال حوزه، مطلب بسیار مهمّی است که اولاً خودمان بدانیم مستقل هستیم و هم، دیگران، این را بدانند. تمام زندگی علمای سلف ما هم بر این اساس بوده است. استقلال حوزه از همه جهات باید محفوظ باشد چه استقلال علمی، چه استقلال در اظهار رای، استقلال مادی و دیگر ابعاد مربوط به این امر. باید به این نکته توجه جدی داشت.
معظّم له قسمت دیگری از سخنان خود را به بیان اهمیت و محوریت قرآن و روایات در حوزه اختصاص داده و افزودند: بر مسأله فقه و اصول باید تمرکز بیشتری داشته باشیم. باید تفسیر و حدیث در حوزه‌ها رواج بیشتری پیدا کند. هر آنچه بر محور قرآن و روایات اهل البیت علیهم‌السلام باشد، باید در حوزه‌ها غالب شود.
اگر طلاب عزیز ما به آیات و روایات تسلط داشته باسند، می توانند پاسخگوی شبهات بوده و در مقام دفاع از دین، انجام وظیفه نمایند.
مرجع عالیقدر در پایان، با بیان اینکه همه مراجع و علما و شورای عالی حوزه‌ها، با هم متّحد هستند و اختلافی در مقاصد وجود ندارد، ابراز امیدواری کردند: اقدامات و زحمات اعضای محترم شورا، برای حضرت ولیّ عصر عجّل الله تعالی فرجه الشریف باشد چرا که اول کسی که از اقدامات خوب شما مسرور می‌شوند آن حضرت می‌باشند و اگر خدای ناکرده در جایی موجبات ناراحتی باشد، اول کسی که ناراحت خواهند شد وجود مبارک ایشان هستند.
در پایان این جلسه، برخی مباحث و مسائل درباره برنامه‌های حوزوی، به طور خصوصی مطرح گردید و معظّم له توصیه‌های مهمّی در این‌باره فرمودند.